El museo cuenta con una exposición permanente de objetos representativos de la historia regional, que abarca desde la prehistoria hasta la segunda mitad del siglo XX. Ocupa una superficie de 2,200 m², se localiza en el edificio central del Centro Cultural Tijuana, fue inaugurado el 24 de febrero de 2000 por el entonces Presidente de México, Ernesto Zedillo. El guión museográfico estuvo a cargo del maestro Mario Vázquez Ruvalcaba. El objetivo del museo es contribuir al conocimiento de la historia peninsular y generar un espacio de reflexión en torno a la identidad del bajacaliforniano. Resguarda un acervo de más de mil piezas (350 en exhibición) representativas de la historia regional y nacional. Consta de ocho salas permanentes: California antes de California; Primeros exploradores europeos; Misiones y misioneros; Territorios y fronteras; El porfiriato; La revolución mexicana; Los años de la postrevolución; y Medio ambiente. Cuenta con una sala temporal de exposiciones, ofrece visitas guiadas en español e inglés, recorridos teatralizados, conferencias, convoca a un concurso de dibujo infantil y a uno juvenil de composiciones históricas.
La duración del recorrido puede variar, y los costos son de $27.00 m.n. (Entrada general), $17.00 m.n. (Niños), $20.00 m.n. (Maestros, estudiantes, INAPAM y convenidos con credencial vigente), $7.00 m.n. (Militares, policías y bomberos con credencial y sus familias)